1950年8月，第一届全国卫生会议将团结中西医确立为新中国卫生工作三大方针之一，但部分西医出身的卫生工作领导同志在思想上对中医认识不足，造成卫生行政工作上一系列歧视中医问题出现。
1951年中央卫生部发布中医管理法规，其中《关于组织中医进修学校和进修班的规定》要求中医进修内容主要为西医理论和预防医学，教学方法要结合并批判中医学术的旧经验，启发学员探求新观点和方法。
结果使不少进修中医动摇了对中医学的信念，仅长春一地就有43％的进修中医转为西医。根据《中医师暂行条例》，在中央卫生部直接领导审查的华北区68县，90％以上的中医被认为不合格。
《中医师考试暂行办法》要求中医考西医内容，结果天津考取者仅占投考人员的十分之一。1952年，有的卫生管理部门提出“毋须培养新中医”，并着手裁撤中医学校，引发中医界强烈反弹。
广州中医专门学校学生罢考抵制。
广州、上海、南京、北京等地中医学校联合向中央反映，称“卫生部门是西医当权，对中医专政”。
为纠正歧视中医的错误倾向，周恩来要求西医必须纠正对中医的态度。在团结中西医问题上，周恩来始终坚持对双方平等看待，不迷信西医，也不迷信中医。
周恩来指出，“西医是外来的”，“西医的一套，也并非全部合乎中国的情况”。
西医“有改进的地方和必要，要把科学医理与中国实际相结合”。
所谓“西医中国化”，“就是要将西方医学原理与中国实际相结合。外来的东西，必须要适合中国的土壤，才能发展”。
“对于外国的先进技术、好的东西，我们要学习，要吸收，但是必须有分析地批判地学，做到洋为中用。”
1950年，在听取全国卫生会议报告时，周恩来指出：“中医生活在人民中，与人民有多少年来的接触”，所谓中医，“不是指那些跳神跳鬼的巫婆和道士，不是只以阴阳五行来治病的。事实上，中医确实治好了一些病，中医有自己的一套医药知识和治病经验”。
1969年8月，周恩来在接见全国卫生工作会议领导小组成员及部分代表时，对卫生界的西医迷信作了批评，指出：“西医学中医，心里总是不服气，格格不入，认为中医不科学。其实西医就全部科学吗？它的局限外在形式的很。”
1970年10月，周恩来再次批评了西医对中医的歧视，指出要说服西医把中国传统医学发扬下去很不容易。西医瞧不起中医，认为中医不讲科学，但是治疗任何一种疾病都是有规律的，只要能把某种病医治好，就是掌握了规律，就是科学。中医能够治好病，中医也是科学。
周恩来着重指出，在中西医团结上，西医要首先破除成见。“团结中医的主要责任在西医这方面”。同时，中医也要打破顽固思想。周恩来强调：“过去是因为个人成见，中西医不免有些对立，现在不同了，大家都是为人民服务，因此有了团结的可能与必要。”
